Genç Mustafa'nın, "Kemal" ismini alması ise, adı geçen okulda gerçekleşti. Matematik öğretmeni Yüzbaşı Mustafa Efendi, yetenekleri ve zekası ile dikkat çeken Mustafa'yı sınıftaki diğer Mustafalardan ayırt etmek için, öğrencisinin adının sonuna "Kemal" ismini ekledi. Böylece genç öğrenci tüm dünyanın tanıdığı yeni ismiyle anılmaya başlandı: Mustafa Kemal.

Mustafa Kemal, Selanik Askeri Rüştiyesi'ni bitirdikten sonra 1896'da Manastır Askeri İdadisi'ne girdi. Burada Ömer Naci ve Ali Fethi (Okyar) ile arkadaş oldu. Mustafa Kemal, hem askerlik eğitimine devam ediyor hem de Fransızca dersleri alarak yabancı dil eğitimine büyük önem veriyordu.

Mustafa Kemal, Manastır Askeri İdadisi'ni başarı ile bitirerek, 13 Mart 1899 tarihinde İstanbul'da Harp Okulu'na girdi. Üç yılda Harbiye öğrenimini tamamlayıp 10 Şubat 1902'de bu okulu teğmen rütbesiyle bitirdi ve öğrenimine Harp Akademisinde devam etti. 1903 yılında Üsteğmen oldu. 11 Ocak 1905 tarihinde de kurmay yüzbaşı rütbesiyle Harp Akademisi'nden mezun oldu.

Burada şu gerçeğin üzerinde özellikle durmak gerekir: Mustafa Kemal söz konusu okullarda üstün kişiliği ve seciyesiyle herkesin sevgisini, saygısını kazanmıştır. Harbiye ve Harp Akademisi'nde okuduğu sırada, Osmanlı İmparatorluğu'nun içinde bulunduğu durumla yakından ilgilenmiş ve ülkenin zorlukların üstesinden gelebilmesi için çözüm önerileri üretmiştir. Osmanlı İmparatorluğu'nun ali menfaatleri açısından bir an önce yapılması gerektiğine inandığı düzenlemeleri büyük bir içtenlikle savunmuştur. Dahası, görüş ve düşüncelerini her ortamda dile getirmekten çekinmemiştir. 5 Şubat 1905 tarihinde Şam'a atanması ise, askeri hayatında yeni bir dönemin başlangıcı olmuştur.